Tekuk rantai residu melintasi grid sehingga unit hidrofobik berkumpul menjadi inti yang terkubur — dan menekan energi hingga ke tingkat minimum yang telah terbukti.
Protein dimodelkan sebagai rantai residu hidrofobik (H) dan polar (P) pada kisi 2D. Tetangga hidrofobik yang duduk berdekatan tanpa terikat akan menurunkan energinya. Tujuan Anda adalah melipat rantai sehingga residu H membentuk inti padat dan Anda mendapatkan energi optimal.
Helixfold dibangun di atas model lipatan protein kisi hidrofobik-polar klasik, mengubah pencarian lipatan menjadi teka-teki.
Rantai residu hidrofobik dan polar pada sebuah kisi, di mana kontak H-H yang tidak berikatan menurunkan energi, adalah model HP dari pelipatan protein.
Menilai energi secara langsung, alih-alih kemiripan dengan bentuk yang diketahui, adalah pendekatan orisinalnya.
Energi adalah tujuan yang tepat karena itulah yang diminimalkan alam. Efek hidrofobik mendorong residu nonpolar ke dalam, dan model yang hampir tidak memuat hal lain tetap mereproduksi inti padat yang dimiliki protein nyata — itulah sebabnya model HP bertahan sebagai alat pengajaran dan penelitian.
Helixfold dibangun di atas model lipatan protein kisi hidrofobik-polar klasik, mengubah pencarian konformasi energi minimum menjadi teka-teki taktil. Ini adalah game browser orisinal dan gratis dengan tiga panjang rantai dan mode latihan harian plus.